A Parte II da LQCA estabelece o regime adjectivo das contra-ordenações ambientais, até à fase judicial do processo.

O artigo 41.º da LQCA prevê a possibilidade da autoridade administrativa determinar medidas cautelares cujo incumprimento redundará em contra-ordenação grave (cfr. artigo 25.º). Já o artigo 41º n.º 4 prevê a publicação da suspensão e do encerramento preventivo.

No que respeita à apreensão cautelar, convém apenas esclarecer que a remissão do artigo 42.º da LQCA para os «termos desta» lei deve ser entendida como remetendo para o artigo 31.º, n.º 1. É também aplicável o disposto no art. 48.º-A, n.º 2 do Regime Geral das Contra-ordenações (adiante desginado apenas por RGCO).

O regime das notificações encontra-se previsto no artigo 43.º da LQCA, caso a carta registada seja devolvida, a LQCA presume a notificação no 5.º dia posterior à data da expedição de carta simples (artigo 43.º, n.º 4). Estipula-se que se possa prever a notificação por e-mail quando o arguido der o seu expresso consentimento e apenas nos casos em que é admitida a notificação por carta simples registada, ou seja, os que não estão previstos no n.º 1 do artigo 43.º.

O artigo 44.º estabelece o regime de notificações ao mandatários constituídos. permanece o regime geral da não obrigatoriedade de constituição de advogado, concedendo o poder discricionário à autoridade administrativa de nomear defensor sempre que as circunstâncias do caso revelarem a necessidade ou a conveniência de o arguido ser assistido (art. 53.º, n.º 2 do RGCO).

Nos termos do artigo 45.º da LQCA, a autoridade administrativa deve levantar auto de notícia quando verificar ou comprovar pessoalmente uma infracção ou elaborar participação instruída com os elementos de prova de que disponha caso não tenha comprovado pessoalmente a infracção.

O artigo 46.º da LQCA determina que o auto de notícia serve de meio de prova da ocorrência verificada. Já o auto de notícia não se confunde com a notificação ao arguido para o exercício do direito de audiência e de defesa (art. 49.º).

O n.º 1 do artigo 48.º da LQCA, visando garantir a imparcialidade do órgão instrutor, estabelece que o autuante ou participante não pode exercer funções instrutórias no mesmo processo.

O direito de audiência e defesa do arguido, está consagrado no artigo 49.º da LQCA. A LQCA vem acolher expressamente a doutrina do Assento n.º 1/2003, que fixou jurisprudência no sentido de que «quando, em cumprimento do disposto no artigo 50.º do regime geral das contraordenações, o órgão instrutor optar, no termo da instrução contra-ordenacional, pela audiência escrita do arguido, mas, na correspondente notificação, não lhe fornecer todos os elementos necessários para que este fique a conhecer a totalidade dos aspectos relevantes para a decisão, nas matérias de facto e de direito, o processo ficará doravante afectado de nulidade, dependente de arguição, pelo interessado/notificado, no prazo de 10 dias após a notificação, perante a própria administração, ou, judicialmente, no acto de impugnação da subsequente decisão/acusação administrativa».

Dispõe ainda o artigo 49.º da LQCA que o prazo para apresentação da defesa é fixado pela autoridade administrativa, no mínimo de quinze dias úteis, contra os dez dias previstos na proposta de lei. Ainda no artigo 49.º da LQCA, é disposto que no prazo para apresentação de defesa, pode o arguido juntar os documentos probatórios de que disponha e arrolar testemunhas, até ao máximo de duas por cada facto, num total de sete.

O artigo 50.º da LQCA determina que as testemunhas e os peritos devem ser ouvidos na sede ou numa delegação da autoridade administrativa onde se realize a instrução do processo. Este artigo 50.º admite também que as testemunhas sejam ouvidas pela autoridade policial. Na versão da proposta de lei, a autoridade policial seria aquela que levantou o auto de notícia ou a participação.

O artigo 51.º da LQCA estabelece que a falta de comparência do arguido, das testemunhas e peritos, devidamente notificados, não obsta a que o processo de contra-ordenação siga os seus termos. Em processo penal, a falta das testemunhas e peritos não dá lugar ao adiamento da audiência (art. 331.º, n.º 1 do CPP) e nos termos do disposto no art. 67.º, n.º 1 do RGCO, a presença do arguido também não é obrigatória em sede de recurso de impugnação judicial.

O artigo 52.º determina que a desistência da acusação pelo Ministério Público depende da concordância da autoridade administrativa.

O artigo 53.º da LQCA dispõe que «no final do processo judicial que conheça da impugnação ou da execução da decisão proferida em processo de contra ordenação, e se esta tiver sido total ou parcialmente confirmada pelo tribunal, acresce ao valor da coima em dívida o pagamento de juros contados desde a data da notificação da decisão pela autoridade administrativa ao arguido, à taxa máxima estabelecida na lei fiscal».

O n.º 1 do artigo 54.º da LQCA determina que «relativamente a contra-ordenações leves e graves, bem como a contra ordenações muito graves praticadas com negligência, o arguido pode proceder ao pagamento voluntário da coima no prazo de quinze dias úteis, excepto nos casos em que não haja cessação da actividade ilícita».

Nos termos do disposto no artigo 55.º da LQCA, o tribunal comunica à autoridade administrativa a data da audiência para esta poder participar e trazer os elementos que repute convenientes para uma correcta decisão do caso. Esta norma já estava consagrada no art. 70.º, n.º 1 do RGCO. A posição processual das autoridades administrativas na audiência de discussão e julgamento é de meros coadjuvantes da justiça e não de assistentes, não se permitindo às autoridades administrativas, por exemplo, interpor recurso para a Relação da sentença ou do despacho judicial.

O artigo 56.º da LQCA, prevê uma tramitação simplificada para infracções leves. Nestas situações, a autoridade administrativa comunica a decisão de aplicação de uma coima, sem necessidade de fazer constar todos os elementos considerados obrigatórios para o exercício do direito de defesa e de audiência. Caso o arguido tenha adoptado o comportamento exigido e pago a coima, a decisão torna-se definitiva, sem possibilidade de recurso.

Os princípios gerais relativos a custas e encargos previstos no artigo 57.º e 58.º da LQCA não diferem substancialmente dos previstos no art. 92.º e 93.º e 94.º do RGCA. O artigo 59.º da LQCA corresponde ao artigo 95.º do RGCO.

O artigo 60.º da LQCA regula a execução de custas. Este artigo dispõe que, decorrido o prazo para pagamento das custas sem a sua realização, a autoridade administrativa envia, nos 20 dias úteis seguintes, o processo ao Ministério Público para a instauração da competente acção executiva.

Finalmente importa ainda realçar o disposto no artigo 75.º da LQCA, incluído na Parte V (disposições finais), relativo à permissão da reformatio in pejus.