Nos termos da Lei n.º 66-B/2012, de 31 de dezembro (Orçamento do Estado para 2013), o regime dos pagamentos por conta foi modificado.

Assim, e em termos quantitativos, passou a aplicar-se uma taxa de 80% (o limite anterior era de 70%) do montante de imposto pago no ano anterior para determinação do pagamento por conta, no caso de sujeitos passivos com volume de negócio abaixo dos 500.000 euros (o valor anterior era de 498.797 euros), e uma taxa de 95% para sujeitos passivos com volume de negócio acima daquele limite.

Por outro lado, e em termos declarativos e de obrigações de pagamento, passou a ser sempre exigível o 2.º pagamento por conta anual. Assim, quando o sujeito passivo verifique pelos elementos de que disponha que o montante dos pagamentos por conta já efetuados é igual ou superior ao imposto que será devido, apenas pode deixar de realizar o terceiro pagamento por conta.

Porém, caso se verifique, face à declaração periódica de rendimentos do exercício a que respeita o imposto, que, em resultado da suspensão da terceira entrega por conta, deixou de ser paga uma importância superior a 20% da que, em condições normais, teria sido entregue, há lugar a juros compensatórios desde o termo do prazo em que a entrega deveria ter sido efetuada até ao termo do prazo para o envio da declaração ou até à data do pagamento da autoliquidação, se anterior. Se a terceira entrega por conta a efetuar for superior à diferença entre o imposto total que o sujeito passivo julgar devido e as entregas já efetuadas, pode aquele limitar o terceiro pagamento a essa diferença.

Além disso, procedeu-se ao reforço do pagamento especial por conta das sociedades abrangidas pelo Regime Especial de Tributação de Grupos de Sociedades, na medida que passou a determinar-se que, nestes casos, apenas o pagamento por conta que seria devido por cada sociedade do grupo é dedutível ao respetivo pagamento especial por conta. Assim, assegura-se a efetividade deste regime mesmo no caso de grupos de sociedades, isto é, o valor do pagamento (normal) por conta a deduzir é o que seria devido por cada uma das sociedades do grupo se este regime não fosse aplicável.